官方表示，目前NS版本存在下列三项已知bug：

1，首次启动游戏时没有音效，只有背景音乐，只需重启游戏即可恢复正常。目前他们正在制作一个修复补丁，很快会解决该问题。

2，多人联机时如果选择了“公开”，“LAN发现”功能在特定情况下无法使用。

3，超过100MB的地图，以及内含过多实体的地图（一般都是从PC上转移过来的存档）无法加载。

注：PC存档没法直接转移给NS，需要利用多人模式开房把地图转移过去，但地图内容过多可能会比较卡，所以建议大家尽量开新档。建筑蓝图也可以通过类似的方式在PC跟NS之间转移。

此外，NS与Steam版《异星工厂》可以跨平台联机，但由于NS主机版发布新补丁时需要经过商店审核，所以NS版本可能不是最新版，一起联机的PC玩家需要在Steam中选择《异星工厂》“主机分支”，然后再跟NS好友联机。